高通量测序技术应用于新型冠状病毒的检测和研究,可以实现快速检测以及病毒序列组装。测序目的不同,需要选择合适的方法和策略:
如需对qPCR检测呈阴性的疑似病例进行确诊,或对复合染、继发染等进行鉴别诊断,或对大量待测样本进行大规模筛查,可以利用高通量测序技术进行
,以进行未知病原的检测、分析和研究,可以利用高通量测序技术进行更高深度更高覆盖度的测序,获得完整的病毒基因组序列
宏基因组测序或靶向测序(包括探针捕获测序和多重PCR扩增子测序)。不同的方法各有优势,可根据实际应用进行选择。
如采用多重PCR扩增子测序,推荐数据量为5-20M。该方法也适用于病毒载量极低(<102copies/ml)的极端样本检测。
单端测序,推荐SE50/SE100读长,快速、经济;如需要进行病毒全长序列组装,建议使用双端测序,推荐PE100/PE150读长,测序数据质量高、Reads比对更好。
rRNA占总RNA的80%以上,去除人类rRNA可以提高有效数据利用率。同时也需要考虑样本情况:如果病毒核酸投入量低,以及放置时间久、降解严重的样本,去除rRNA可能会影响建库效果,可以选择不去rRNA,以提高建库成功率。
宏基因组测序方法,一般以单个样本的数据通量>
100M reads为参考;多重PCR扩增子测序方法,以单个样本的数据通量>5M reads为参考。
研文章在Lancet、nature、Cell等期刊获发。基于DNBSEQ平台的高通量测序技术助力新冠病毒科研攻关,得到了越来越多科研学者的认可。
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